השערה אחרת, שאותה קהילת יוצאי אתיופיה שוללת, היא שמקורה של הקהילה אינו בקהילה יהודית קדומה, אלא באתיופים נוצרים בני שבט אגאו שאימצו את היהדות סביב המאות ה-15-14. השערה זו הועלתה בין השאר משום שרק החל מהמאה ה-14 מתייחסות הכרוניקות של שליטי אתיופיה לקיומם של יהודים במדינתם. עם זאת, רוב החוקרים מודעים לכך שהקהילה חיה באתיופיה בתקופות קדומות, עוד לפני שהנצרות הגיעה למדינה. 

כך או אחרת, למרות שאין אפשרות לקבוע בבירור את מוצאה של קהילה ביתא ישראל, אין חולק כי לאורך הדורות התקיימה באתיופיה קהילה יהודית בעלת זיקה משמעותית לירושלים.