השערה שנייה גורסת כי מקורה של הקהילה היהודית מאתיופיה הוא ההגירה מהקהילה היהודית ממצרים בתקופות שונות, החל מהמאה ה-7 לפני הספירה. ההגירה התקיימה מסיבות שונות דוגמת מחלוקות פנימיות בתוך הקהילה היהודית במצרים או רדיפות מחוצה לה. התיאוריה הזו מבוססת על מסורות בתוך הקהילה והיא נתמכת במחקרים שערכו חוקרים על יהדות אתיופיה שמצביעים על הדמיון הרב בין מנהגי הקהילה היהודית העתיקה שבאי יֵבּ שבמצרים ובין המנהגים של קהילת בֵּיתֶּא ישראל.
השערה שלישית גורסת כי אבות הקהילה היהודית באתיופיה לא היגרו ממצרים אלא דווקא מהקהילה היהודית בדרום ערב (תימן). השערה זאת, שגם היא נפוצה בקרב החוקרים, מתבססת על הקרבה הגיאוגרפית בין שני האזורים ועל העדויות הרבות על קשרים מסחריים ותרבותיים ביניהם החל מהמאה החמישית לפני הספירה.
