ממלכת הגדעונים 

המידע שבידינו על תולדות יהודי אתיופיה לפני המאה ה-14 נשמר בעיקר במסורות שבעל פה. אחת המסורות הללו היא על שושלת "הגדעונים", שלפי העדויות שלטה במשך תקופה ארוכה כממלכה יהודית-אתיופית אוטונומית. המפורסמת שבשליטים הגדעונים היא מלכה בשם יהודית ששלטה במשך כ-40 שנה במאה העשירית. בין השאר, עמדה המלכה בראש צבא מורדים, והביסה את ממלכת אקסום הנוצרית (ששכנה בשטחי אתיופיה ואריתריאה של ימינו). מסורות אלה הגיעו בימי הביניים גם לאירופה, שם עלו על הכתב, וניתן למצוא להן עדויות בכתביהם של אלדד הדני, של הסוחר היהודי בנימין מטודלה ועוד. 

במאה ה-14 החל תיעוד בכתב גם באתיופיה, כאשר, התיעוד של הקהילה היהודית באתיופיה התמקד דווקא במלחמות. הטקסטים המספרים על הקהילה הם כרוניקות של שליטים אתיופים, המדווחות על מלחמות של יהודי אתיופיה בשלטון הנוצרי בשל הרצון לשמור על עצמאותה הפוליטית והדתית של הקהילה היהודית. לאחר אחת מהמלחמות הללו נקבעה תקנה שלפיה מי שאינו נוצרי אינו יכול להוריש את רכושו לילדיו, רוב היהודים סירבו להתנצר ובשל כך נושלו מאדמותיהם.  

העת החדשה 

המאבקים בין היהודים לשליטים הנוצרים נמשכו עד למאה ה-17, אז איבדה הקהילה את עצמאותה באופן סופי. במאה ה-19, ספגה הקהילה מכה קשה נוספת, כאשר בין השנים 1888–1892 התרחש רצף של אסונות טבע ומלחמות, שהוביל לרעב ולמגפות. לפי ההערכות, בתקופה זו, המכונה "קפו קן" (הימים הרעים), מתו בין שליש לשני שלישים מיהודי אתיופיה.